Probablemente, la podredumbre apical del fruto o “blossom-end rot”, provocada por la deficiencia de Calcio durante el desarrollo de los frutos, es el problema nutricional más común de la planta de tomate. La aparición de esta fisiopatìa está relacionada con niveles deficientes de Calcio en el suelo, estrés hìdrico o ambos. Debido a la escasa movilidad del Calcio en la planta, su deficiencia se manifiesta primero en los puntos de crecimiento de la planta. En los frutos comienza por la zona apical como una mancha circular necrótica que puede alcanzar hasta el diámetro de todo el tomate.
El aporte de microelementos resulta vital para una nutrición adecuada del cultivo de tomate. Las carencias de Hierro, Manganeso, Boro y Zinc aparecen frecuentemente en sistemas de producción intensivos si no se aplican estos elementos de forma regular.
Las carencias de Hierro y Manganeso son comunes de cultivos en suelos calcáreos y ambas se manifiestan por la presencia de clorosis en las hojas más jóvenes. La carencia de Hierro comienza con el amarillamiento de la base de las hojas extendiéndose luego por la hoja entera, mientras que, en el caso de la carencia en Manganeso, aparece una aureola verde alrededor de los nervios y manchas irregulares de color verde amarillento.
La carencia de Boro aparece en las hojas más jóvenes en forma de clorosis terminal. En el borde de las hojas aparecen manchas cloróticas de color amarillo y en casos más graves la punta de la hoja se puede poner parda y necrosarse. Durante la floración, su carencia resulta en caìda de flores y falta de cuaje. La producción disminuye y en el fruto pueden aparecer surcos, áreas acorchadas y maduración desigual.